会议介绍

本期研讨以转录组&小RNA为主题,着重从工作中的实际需要出发,立足于实践,选取研究中的真实案例加以分析,并配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开探讨,力求给您的研究带来最直接有效的帮助。

课程主要分为三部分:

一、以设计实例以及对实际问题的分析为引线,介绍转录组&小RNA分析的各项知识要点;

二、学习及练习常用分析软件的使用方法,从而使学员深刻理解并掌握转录组&小RNA分析的要点;

三、通过一个实际项目的演练,将课程各项知识点融会贯通,以达到真正掌握转录组&小RNA分析的目的。

实践设备----充足;实践操作---独立;实际案例----分享;

满足你的独立动手能力、独立解决问题能力,让你学会如何将所学知识应用到实际研究中,学习到书本知识与实际应用中的差异,从而了解并获得更多的项目经验。

主办单位:深圳华大基因研究院

举办地点:中国深圳

培训时间:2012905-912

 

新学年倾力推荐同时参加转录组RNA”两期专题研讨班,可再优惠600元,

仅需5000元,您即可参加华大基因举办的两期高水平生物信息培训班。

课程安排:

 

专题

课程内容

授课时间

费用

选课类别

小RNA

9.5-9.7

  • 小RNA与高通量测序
  • 小RNA生物发生机制
  • 三种常见的小RNA的特点
  • miRNA的功能
  • 小RNA测序的基本原理

4h

2800元

课程一

  • 基于Hiseq 2000高通量小RNA测序的分析方法

2.1 数据过滤

2.2 基因组比对

2.3 已知的miRNA鉴定和表达量统计

2.4 其他种类非编码RNA的鉴定

2.5 新的miRNA预测

2.6 miRNA的表达模式分析(差异分析和聚类分析)

2.7 靶基因预测

2.8项目设计讨论

4h

  • 小RNA测序与其他测序的关联

3.1 miRNA测序与mRNA测序

3.2 小RNA测序与de novo 测序

3.3 miRNA测序与表观测序

3.4项目设计讨论

4h

  • 小RNA与疾病研究

4.1 miRNA是biomarker

4.2 miRNA与癌症

4.2 小RNA指导药物靶点筛选

4.3项目设计讨论

4h

  • 植物中小RNA的发现与功能

5.1 植物miRNA注释

5.2 植物miRNA靶基因预测

5.3 miRNA在植物生长发育过程中的作用

5.4 miRNA与植物抗病

5.5项目设计讨论

4h

  • 微生物的non-coding RNA

6.1 微生物小RNA测序与分析的特点

6.2 原核生物的非编码RNA

6.3 项目设计讨论

4h

转录组

9.10-9.12

  • RNA分析背景及前沿技术介绍

1h

2800元

课程二

  • 转录组定量分析

2.1 三种定量分析方法介绍(DGE、芯片、RNA-seq)

2.2 表达量注释及差异基因筛选

2.3 go和kegg注释

2.4 项目设计讨论

3h

  • 有ref的转录组分析

3.1 ref分析的背景及其应用

3.2 实验建库原理

3.3 clean data比对

3.4 表达量计算

3.5 SNP检测

3.6 RNA编辑分析

3.7 可变剪切分析

3.8 基因融合的检测

3.9 ncRNA分析

3.10项目设计讨论

8h

  • 没有参考序列的denovo分析

4.1 denovo背景介绍

4.2 常见组装软件介绍及软件性能分析

4.3 功能注释:NR、KEGG、SWISSPROT、COG

4.4 CDS预测

4.5项目设计讨论

8h

  • RNA分析的案例讲解及方案研讨

4h

【注】:深圳华大基因研究院保留对以上课程信息(包括主题、课程安排和其他细节等)进行调整的权利,具体课程信息以实际上课为准。

 

【讲师团队】

我们的讲师来自工作一线,项目经验丰富,多次参与重大项目和论文撰写,有开发生物信息学软件的宝贵实战经验,对生物信息学有全面了解和深刻认识。每个专题主讲一人,助教四名,同时指导项目讨论及辅导实践上机。

 

陈茂山:华大基因研究院RNA功能与应用部门负责人

主要研究方向为生物信息学、miRNA测序及功能分析、non-codingRNA分析,转录组分析;已负责完成小RNA测序分析的pipeline开发和优化,降解组分析流程的开发;

曾参与泌尿系统癌症的小RNA分析,蚂蚁基因组小RNA测序分析,水稻转录组小RNA分析,原核非转录组与非编码RNA研究等多个项目;

已在PloS上发表文章三篇;

华大基因学院专职讲师,四年授课经验,先后参与内、外部培训授课工作三十余次,以其扎实的技术功底,和细致耐心的授课方式,深受学员的喜爱。

1,Li, X., Chen, J., Hu, X., Huang, Y., Li, Z., Zhou, L., Tian, Z., Ma, H., Wu, Z.,Chen, M., Han, Z., Peng, Z., Zhao, X., Liang, C., Wang, Y., Sun, L., Zhao, J., Jiang, B., Yang, H., Gui, Y., Cai, Z., Zhang, X., Comparative mRNA and microRNA expression profiling of three genitourinary cancers reveals common hallmarks and cancer-specific molecular events. PLoS One.2011;6(7):e22570.

2,Zhou, L., Chen, J., Li, Z., Li, X., Hu, X., Huang, Y., Zhao, X., Liang, C., Wang, Y., Sun, L., Shi, M., Xu, X., Shen, F., Chen, M., Han, Z., Peng, Z., Zhai, Q., Zhang, Z., Yang, R., Ye, J., Guan, Z., Yang, H., Gui, Y., Wang, J., Cai, Z., Zhang, X., Integrated profiling of microRNAs and mRNAs: microRNAs located on Xq27.3 associate with clear cell renal cell carcinoma. PLoS One.2010 Dec 30;5(12):e15224.

3,Zhu, J., Jiang, Z., Gao, F., Hu, X., Zhou, L., Chen, J., Luo, H., Sun, J., Wu, S., Han, Y., Yin, G.,Chen, M., Han, Z., Li, X., Huang, Y., Zhang, W., Zhou, F., Chen, T., Fa, P., Wang, Y., Sun, L., Leng, H., Sun, F., Liu, Y., Ye, M., Yang, H., Cai, Z., Gui, Y., Zhang, X., A systematic analysis on DNA methylation and the expression of both mRNA and microRNA in bladder cancer. PLoS One.2011;6(11):e28223. Epub 2011 Nov 30.

 

易康:华大基因研究院生物信息部-生物医药&疾病健康部门负责人

主要研究方向为RNA分析,已负责完成RNA流程和技术开发;

已在nature系列杂志上发表文章两篇,Cell Research上发表文章一篇;

华大基因学院专职讲师,培训经验丰富,责任心强,讲解细致,举一反三。

1,Ren S, Peng Z, Mao JH, Yu Y, Yin C, Gao X, Cui Z, Zhang J, Yi K, Xu W, Chen C, Wang F, Guo X, Lu J, Yang J, Wei M, Tian Z, Guan Y, Tang L, Xu C, Wang L, Gao X, Tian W, Wang J, Yang H, Wang J, Sun Y. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings. Cell Research. 2012 May;22(5):806-21. doi: 10.1038/cr.2012.30. Epub 2012 Feb 21

2, Aaron R Jex, Bo Li, Shiping Liu, Linfeng Yang, Zijun Xiong, Yingrui Li,Cinzia Cantacessi,Ross S Hall,Xun Xu,Fangyuan Chen,Xuan Wu,Adhemar Zerlotini,Guilherme Oliveira,Andreas Hofmann,Guojie Zhang,Xiaodong Fang,Yi Kang,Bronwyn E Campbell,Alex Loukas,Shoba Ranganathan, David Rollinson,Gabriel Rinaldi,Paul J Brindley,Huanming Yang,Jun Wang, Jian Wang& Robin B Gasser,et al.Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium. Nature Genetics,Volume:2012 Jan 15;44(2):221-5. doi: 10.1038/ng.1065.

 

3,Aaron R. Jex, Shiping Liu, Bo Li, Neil D. Young,Ross S. Hall, Yingrui Li, Linfeng Yang, Na Zeng, Xun Xu, Zijun Xiong, Fangyuan Chen, Xuan Wu, Guojie Zhang, Xiaodong Fang, Yi Kang,Garry A. Anderson, Todd W. Harris, Bronwyn E. Campbell, Johnny Vlaminck, Tao Wang, Cinzia Cantacessi, Erich M. Schwarz, Shoba Ranganathan, Peter Geldhof, Peter Nejsum, et al. Ascaris suum draft genome. Nature, 2011, 479(7374):529-33.

 

【课程对象】

·从事RNA研究的工作者

·迫切希望提升RNA信息分析能力的工作者

 

【培训特色】

·高通量测序平台&高性能生物信息分析平台

·一流的讲师团队——丰富的软件研发经验、重大项目执行经验

·理论知识与项目设计相互结合,讲师授课与小组讨论共同进行

·精心挑选相应的上机软件,为每位学员提供实际操作的机会

 

【收费标准】

·注册费:含学费、资料费、上机费、其他材料费;

·培训期间可免费提供工作餐,可协助安排住宿,住宿费用自理。

特别说明:本次课程限定名额25名,为确保培训资源得到最佳利用,请尽快申请报名参加。

 

【优惠政策】

·华大基因长期合作伙伴可用积分兑换抵减注册费;

·4+1团体优惠,即同一单位有4人同时报名参加该期培训班,可额外赠送1个名额(只限于同一期培训班);

·套票政策:

培训卡适用于华大基因学院任意一期培训班。

以上优惠不能同时使用,最终优惠解释权归华大基因所有!

凡华大基因生物信息学培训班老学员,可再享受9.5折优惠。

 

【注意事项】

·已经成功付款的学员,如在2012年09月13日前联系主办方撤销席位,可退还100%的注册费用;如在开课前3个工作日内(含3个工作日)要求撤销席位则退还80%的注册费用。

·因故不能如期参加本次培训班学员可提交延期申请,参加2012年09月-2013年09月期间由深圳华大基因研究院举办的各类培训,费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款,退款期间产生的所有费用由学员本人承担。

 

【联系方式】

·联系电话:0755-25273851 培训中心(咨询时间:周一至周五9:00-18:00)

·E-mail:training@service.genomics.cn

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