2016年微生物组学分析研讨班

第一天
上午

微生物组学研究的发展和挑战

1、微生物组研究的发展历史
2、测序平台介绍
3、基于测序的研究方法
3.1 宏基因组（target sequencing 和全基因组）
3.2 单个微生物de novo测序
4、应用案例分析

第一天
下午

target sequencing数据分析

1、linux常用命令使用和上机操作
2、数据分析过程中的编程简介（perl、R、python等）
3、target sequencing数据分析加上机
3.1质控
3.2去嵌合体
3.3 OTU聚类
3.4 注释
3.5统计分析：（1）α多样性分析；（2）β多样性分析；（3）群落结构及丰度分析；（4）进化分析；（5）差异分析(Lefse)；（6）功能分析(picrust)。

第二天
全天

Whole metagenome 和metatranscriptome数据分析

1、质控
2、拼接组装：SOAPdenovo；MetaVelvet; Meta-IDBA等
3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等
4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等
5、功能注释：RAMMCAP；Blast等
6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）表达分析

第三天
全天

微生物de novo测序分析

1. 质控

2. 单细胞测序去污染、去嵌合体等

3、拼接组装：SPAdes等
4、基因预测
5、功能注释
6、代谢途径分析
7、进化分析：（1）SNP；（2）插入缺失（3）水平基因转移；
8、转录组分析：（1）基因差异表达分析；（2）代谢通路分析

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